Program strategis yang direncanakan FST untuk periode 2023-2027 mengacu pada visi, misi, dan tujuan yang diusung dengan mempertimbangkan peluang, tantangan, kekuatan, dan ancaman yang berasal dari aspek internal dan eksternal saat ini. Pengelompokan program strategis dibuat dalam 7 program utama, yaitu:

1. Kebijakan Peningkatan Penegakan Prinsip-prinsip Tata Kelola yang Baik.
2. Kebijakan Peningkatan Kinerja Pendidikan dan Pengajaran.
3. Kebijakan Peningkatan Ketersediaan Prasarana dan Sarana Pendidikan yang Bermutu dan modern.
4. Kebijakan Peningkatan Kinerja Penelitian dan Publikasi Ilmiah serta pengabdian masyarakat.
5. Kebijakan Peningkatan Mutu dan Prestasi Mahasiswa di bidang Akademik dan non-akademik.
6. Kategori Kebijakan Penguatan Jaringan Internasional.
7. Kebijakan digitalisasi dalam beberapa jenis pelayanan di lingkungan Fakultas Sains dan Teknologi.

Masing-masing kelompok program di atas terdiri dari berbagai rencana kebijakan strategis yang berfungsi sebagai acuan dalam penyusunan program, kegiatan, indikator dan target capaian. Selanjutnya program utama tersebut dijabarkan dalam Indeks Kinerja Utama (IKU) pada setiap unit kerja di Lingkungan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Selain IKU, FSt juga menetapkan program Unggulan yang dicanangkan pada peroiode pencapaian 2023-2027 yang masuk dalam kategoti Indeks Kinerja Tambahan (IKT).  Adapun program-program stratregis yang masuk dalam kategori IKT tersebut antara lain: