1999 - 2000
PROSES KONVERSI IAIN KE UIN
Untuk lebih memantapkan konversi IAIN ke UIN Syarif Hidayatullah Jakarta sejak tahun ajaran 2000/2001 membentuk Program Konversi UIN yang menyelenggarakan Program Studi (Prodi) Teknik Informatika dan Prodi Agribisnis bekerjasama dengan Institut Pertanian Bogor (IPB) serta badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) dan Program Studi Manajemen dan Akutansi
2001-2002
PERUBAHAN IAIN MENJADI UIN
Berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 31 Tahun 2002 tentang Perubahan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Peresmian dilakukan oleh Wakil Presiden Republik Indonesia, Hamzah Haz, pada 8 Juni 2002. Sebagai bentuk integrasi ilmu UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menetapnkan nama-nama fakultas salah satunya Fakultas Sains dan Teknologi (FST)
2016
Memiliki 9 Program Studi (Prodi) yaitu : Prodi Teknik Informatika, Prodi Agribisnis, Prodi Sistem Informasi, Prodi Matematika, Prodi Fisika, Prodi Kimia, Prodi Biologi, berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 31 Tahun 2002 dan mengalami perubahan pada tahun 2006, serta Magister Agribisnis berdiri pada tahun 2010 dan Prodi Teknik Pertambangan berdasarkan Keputusan Menteri Ristekdikti Nomor 195/KPT/2016